La République du Cameroun est le premier pays africain à avoir établi des relations diplomatiques avec l’Ordre Souverain de Malte, dès 1961. La présence humanitaire de l’Ordre a débuté en 1969, notamment à travers des actions sociales et sanitaires menées par l’Ordre de Malte France.

Un accord de coopération postale a été signé en 1987, renforçant davantage les liens institutionnels.

En février 2006, le Grand Maître Fra’ Andrew Bertie a effectué une visite d’État officielle au Cameroun. Il a été accueilli par le Président Paul Biya et la Première Dame Chantal Biya. À cette occasion, il a inauguré l’hôpital Saint-Jean-de-Malte, un centre d’oncologie pédiatrique à Njombé, et a visité plusieurs projets humanitaires de l’Ordre à Yaoundé et à Mokolo. La visite s’est conclue par la Conférence régionale africaine de l’Ordre de Malte, coprésidée par le Premier ministre camerounais Ephraim Inoni et réunissant des représentants de l’OMS, de l’Union africaine et de la First Bank of Cameroon.

Le 22 février 2007, un accord de partenariat a été signé avec la Fondation Chantal Biya, en soutien à son Centre Mère et Enfant. Le 31 mai 2007, une convention de coopération plus large a été conclue, définissant le cadre général de la collaboration humanitaire et sanitaire.

En juillet 2018, le Grand Maître Fra’ Giacomo Dalla Torre del Tempio di Sanguinetto s’est rendu au Cameroun pour une visite d’État. Accueilli par le Premier ministre Philémon Yang et le Président Paul Biya, il a participé à des entretiens axés sur le renforcement de la coopération de longue date entre les deux parties et sur l’élargissement de l’aide humanitaire et sanitaire. Le Grand Maître a également rencontré le nonce apostolique, Mgr Mario Murat.

Face à la pandémie de COVID-19, le 3 juillet 2020, l’équipe médicale d’urgence de Malteser International a été déployée pour soutenir les autorités sanitaires camerounaises. Elle a été accueillie par le Premier ministre Joseph Dion Ngute et le ministre de la Santé, Malachie Manaouda.
Du 1er au 6 juin 2023, le Grand Hospitalier Fra’ Alessandro de Franciscis s’est rendu au Cameroun pour visiter les structures sanitaires de l’Ordre et rencontrer les autorités locales, renforçant ainsi une coopération de longue durée.

Plus récemment, du 7 au 10 juin 2024, le Grand Commandeur Fra’ Emmanuel Rousseau a effectué une visite spirituelle et institutionnelle. Il a rencontré le Premier ministre Dion Ngute pour réaffirmer le partenariat durable et évoquer les principales activités humanitaires de l’Ordre au Cameroun, notamment l’hôpital Saint-Jean-de-Malte et le centre Rohan-Chabot de Mokolo. À cette occasion, le Premier ministre a reçu la Croix de Grand Officier pro Merito Melitense.